Badan Pengelola Urusan Masyarakat Adat, selanjutnya disingkat dan disebut dengan BPUMA. Anggota BPUMA terdiri dari perwakilan Pemerintah Kabupaten, Pemerintah Provinsi, Pemerintah Kecamatan, Lembaga Adat, Akademisi, FKUB, dan organisasi non Pemerintah yang berkedudukan di Kabupaten Malinau. BPUMA mempunyai fungsi memastikan berlangsungnya pengakuan dan perlindungan hak-hak masyarakat adat sesuai ketentuan yang diatur dalam Peraturan Daerah Kabupaten Malinau Nomor 10 Tahun 2012 tentang Pengakuan dan Perlindungan Hak-Hak Masyarakat Adat di Kabupaten Malinau. BPUMA bertugas menerima pendaftaran pengakuan dan perlindungan hak-hak masyarakat adat, melakukan identifikasi dengan mencermati (Sejarah Masyarakat Adat, Wilayah Adat, Hukum Adat, Harta Kekayaan dan/atau benda-benda Adat, Kelembagaan/sistem Pemerintahan Adat), Hasil identifikasi sebagaimana dimaksud dilakukan verifikasi dan validasi oleh BPUMA, Hasil verifikasi dan validasi sebagaimana dimaksud disampaikan kepada wilayah adat yang berbatasan untuk mendapatkan persetujuan, BPUMA menyampaikan rekomendasi kepada Bupati berdasarkan hasil verifikasi dan validasi, Bupati melakukan penetapan pengakuan dan perlindungan masyarakat hukum adat berdasarkan rekomendasi BPUMA dengan Keputusan Bupati. Wewenang BPUMA : Menetapkan prosedur dan tata cara untuk melakukan identifikasi, verifikasi dan validasi terhadap keberadaan masyarakat adat, Melakukan forum dalam rangka melakukan identifikasi, verifikasi dan validasi terhadap keberadaan masyarakat adat, Melaksanakan komunikasi dengan pihak yang relavan terkait dengan pengakuan dan perlindungan masyarakat adat, Menerbitkan kebijakan-kebijakan yang berlaku pada internal BPUMA, Melakukan pendampingan pada masyarakat adat dalam berurusan dengan pihak lain (eksternal), Melakukan kerjasama dengan pihak lain yang terkait dengan pelaksanaan wewenangnya.